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portageでインストールすれば、configでDBの初期化を行うことができる。

> emerge --config =dev-db/mysql-5.1.51

データベースを初期化し、MySQL管理者のパスワードを設定する。portageによる処理の詳細は/usr/portage/eclass/mysql.eclassを参照。手動で初期化スクリプトを実行してもよい。

> /etc/init.d/mysql start
> mysql --user=root -p mysql

mysqlそのものの管理データはmysqlというデータベースに保存されている。

mysql> CREATE DATABASE dbname;

データベース「mysql」に接続する。

> mysql --user=root -p mysql

セキュリティのために不要なユーザエントリ（testデータベースへの接続権限）を削除し、testデータベースも削除しておく。

mysql> DELETE FROM db WHERE user='';
mysql> DROP DATABASE test;

データベース「dbname」に関して全ての権限を持つユーザを作成

mysql> GRANT ALL ON dbname.* TO 'user'@'localhost' IDENTIFIED BY 'pass';

上記コマンドはユーザの作成とともに、各ユーザの権限設定を行うことができる。